全球暖化改变了南极栖息环境，严重影响皇帝企鹅的生存。
最新的研究报告显示，过去15年南极皇帝企鹅数量减少了超过两成，预计到了2100年有可能濒临绝种。
虽然生活在地球最偏远地区之一但皇帝企鹅依然难逃气候变化的影响。英国南极勘测研究机构的科学家，自2009年就开始对居住在包括南极半岛在内，共280万平方公里区域里，数量相信约为全球近三分之一的皇帝企鹅进行研究。结果发现在七年前企鹅数量下降不到10%，如今数量急速下降22%，显示气候变化对生物的威胁正在加剧。
英国南极勘测研究机构科学家彼得费雷特维尔说：“我们认为其他环境因素也在发挥作用，比如降雨量增多、降雨时间提前，气温升高以及生态系统中其他生物的变化。如果周围的冰减少，捕食者更容易接近帝企鹅，企鹅和海豹觅食时也会面对更强的竞争。”
研究也发现，南极的海冰体积比长期平均减少了超过一半，接近历史最低点。专家认为海水变暖也会导致海冰不够稳定，无法给予企鹅足够时间繁殖或换羽，这种种因素都有可能将它们推向灭绝。
