改编自“Neon Genesis Evangelion”的剧场版“Evangelion: 3.0 + 1.01 Thrice Upon a Time”是由庵野秀明一手监督策划的全新大作，剧情编排及新角色设定都大胆突破过往，将故事发展性推向另一个极致境界。

故事讲述美里以及她的反NERV组织WILLE来到巴黎，这里被核心染成红色，AAA Wunder奇迹号的船员降落在安全塔上，他们只有720秒能修复这个城市。

当NERV的福音战士群出现时，真希波的EVA改8号机进行拦截。与此同时，真嗣、明日香和丽在日本的土地上徘徊。